Avance de Covid-19 en Brasil: explorando los datos disponibles

Todos los códigos y datos utilizados están disponibles en Github: https://github.com/gbazo/covid19

Toda la información nacional se informa en la Plataforma IVIS: http://plataforma.saude.gov.br/novocoronavirus/#COVID-19-brazil

Este artículo fue escrito del informe del Ministerio de Salud del 16/03/2020

De acuerdo con wikipedia:

La enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) es una enfermedad infecciosa causada por el coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2). La enfermedad se identificó por primera vez en 2019 en Wuhan, China, y desde entonces se ha propagado a nivel mundial, lo que resultó en la pandemia de coronavirus 2019-20. Según la Organización Mundial de la Salud (OMS), los síntomas más comunes son fiebre, cansancio y tos seca, mientras que los CDC estadounidenses dicen que se debe vigilar la fiebre, la tos y la falta de aire. El dolor muscular, la producción de esputo y el dolor de garganta son menos comunes. Mientras que la mayoría de los casos resultan en síntomas leves, algunos progresan a neumonía severa e insuficiencia multiorgánica. La tasa de muertes por número de casos diagnosticados se estima en 3.4%, pero varía según la edad y otras condiciones de salud.

El propósito de los análisis es compartir datos y generar nuevas ideas.

La OMS clasificó el estado del nuevo coronavirus como pandemia, se confirmaron 118,000 casos en 114 países. La última vez que esto sucedió fue en 2009, con la gripe H1N1.

En Brasil, el primer caso fue identificado el 26 de febrero y según el informe del Ministerio de Salud (16/03) hay 2064 sospechosos, 1624 rechazados, 234 casos confirmados y cero muertes. La evolución de esta información se puede ver en el cuadro a continuación.

Gráfico con todos los casos por fecha de ocurrencia

En los últimos días, los indicadores han aumentado considerablemente, el gobierno ya ha comentado la situación, ya que las medidas preventivas interrumpieron las clases en escuelas y universidades, tomaron medidas para alentar la economía y formularon recomendaciones sobre cómo comportarse frente a la situación. situación.

En el siguiente gráfico, es posible observar la evolución de 234 casos a lo largo del tiempo y el número de casos nuevos reportados por día. Aparentemente, a pesar del pico de nuevos casos observados el día 15 (quizás un caso atípico) la evolución ha crecido gradualmente como se esperaba, esto es positivo dada la capacidad del sistema de salud pública para asistir.

Los 234 casos y la cantidad de casos nuevos por día

La siguiente línea de tiempo facilita la observación de nuevos casos confirmados a lo largo del tiempo.

Cronología con nuevos casos reportados por día

El estado con el mayor número de casos es São Paulo, con 152 (65%) de los casos confirmados. La siguiente tabla muestra la situación actual de todos los estados brasileños.

Intentando predecir nuevos casos

La predicción de series de tiempo se realizó utilizando el paquete Prophet en R. Este es un procedimiento para pronosticar datos de series de tiempo basados ​​en un modelo aditivo donde las tendencias no lineales se ajustan a la estacionalidad. Prophet es robusto ante los datos faltantes y los cambios en la tendencia, y generalmente maneja bien los valores atípicos.

Intentamos anticipar la cantidad de nuevos casos sospechosos y confirmados para los próximos 30 días.

El primer modelo muestra los casos sospechosos, si la evolución continúa, en los próximos 30 días se espera un aumento del 100%, superando la marca de 4000 casos.

Predicción de casos sospechosos

El crecimiento de los casos confirmados será un poco más lento, se espera que en 30 días el número de casos alcance los 400, un aumento del 70%.

Predicción de casos confirmados

El resultado de la predicción no está de acuerdo con la naturaleza exponencial del virus y no debe tomarse como base para formular decisiones.

Es importante señalar que los análisis se basaron en el informe oficial del Ministerio de Salud obtenido a través de la Plataforma IVIS, puede haber diferencias con los números informados por las noticias.

Este artículo fue posible gracias a la recopilación de datos y el intercambio de bases de datos.

Raphael Fontes ha desarrollado amablemente un extractor de datos para la plataforma y está haciendo que los datos estén disponibles en Kaggle.

Conjunto de datos: https://www.kaggle.com/unanimad/corona-virus-brazil

Artículo: https://medium.com/mindstorm-%EF%B8%8F/coletos-e-armazenando-os-n%C3%BAmeros-de-casos-do-coronav%C3%ADrus-no-brasil-73c4f5909514

Las sugerencias siempre son bienvenidas, ¡gracias!